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承啟生物承接國際人類蛋白質組計劃官方數據庫建設

深圳2021年12月3日 /美通社/ -- 近日,國際人類蛋白質組計劃確定,由承啟生物承接國際人類蛋白質組計劃的官方數據庫neXtProt(亞洲分站)的建設。這是國際人類蛋白質組計劃第一次將(jiang)官方數據(ju)庫(ku)交(jiao)由亞(ya)(ya)洲公司進(jin)行(xing)建設,標志著中國在人類蛋(dan)白質組計劃(hua)中的(de)核心地位提升,也顯示出承啟生物不僅僅在測序領域(yu)取得(de)國際聲譽,同(tong)時(shi)在蛋(dan)白質組學(xue)(xue)領域(yu)也受到(dao)國際學(xue)(xue)術(shu)界的(de)權威認(ren)可。11月底,承啟與neXtProt數據(ju)庫(ku)工作人員進(jin)行(xing)視頻連線(xian)會議(yi),neXtProt亞(ya)(ya)洲分(fen)站的(de)建設正(zheng)式開(kai)始(shi)。


承啟團隊(dui)與(yu)neXtProt工作人員視(shi)頻(pin)連線(xian)會(hui)議

國(guo)際人(ren)(ren)類(lei)(lei)(lei)(lei)(lei)蛋白(bai)(bai)質(zhi)(zhi)組(zu)(zu)計(ji)(ji)劃(hua)(Human Proteome Project, HPP)是(shi)國(guo)際人(ren)(ren)類(lei)(lei)(lei)(lei)(lei)基因組(zu)(zu)計(ji)(ji)劃(hua)(Human Genome Project, HGP)的(de)(de)(de)(de)后續國(guo)際合作項目,最早可追(zhui)溯(su)至(zhi)2000年(nian)。彼時,人(ren)(ren)類(lei)(lei)(lei)(lei)(lei)基因組(zu)(zu)計(ji)(ji)劃(hua)尚未完(wan)成,科學(xue)家(jia)們(men)就已經意識到搞清楚人(ren)(ren)類(lei)(lei)(lei)(lei)(lei)基因組(zu)(zu)并不能完(wan)全理解人(ren)(ren)的(de)(de)(de)(de)生理病理過程,因為(wei)一個基因可以變化出幾種至(zhi)數千(qian)種不同的(de)(de)(de)(de)蛋白(bai)(bai)質(zhi)(zhi)形體(proteoform),而(er)蛋白(bai)(bai)質(zhi)(zhi)才是(shi)各種生理和病理功(gong)能的(de)(de)(de)(de)實際執行者。因此,各國(guo)科學(xue)家(jia)又策(ce)劃(hua)了(le)人(ren)(ren)類(lei)(lei)(lei)(lei)(lei)蛋白(bai)(bai)質(zhi)(zhi)組(zu)(zu)計(ji)(ji)劃(hua),力圖研究所有的(de)(de)(de)(de)人(ren)(ren)類(lei)(lei)(lei)(lei)(lei)蛋白(bai)(bai)質(zhi)(zhi),這(zhe)樣(yang)才能解開(kai)生命的(de)(de)(de)(de)奧秘。經過12年(nian)的(de)(de)(de)(de)前期準備,2012年(nian)人(ren)(ren)類(lei)(lei)(lei)(lei)(lei)蛋白(bai)(bai)質(zhi)(zhi)組(zu)(zu)計(ji)(ji)劃(hua)正式(shi)啟(qi)動。

人類蛋(dan)(dan)白質(zhi)組(zu)計(ji)劃的(de)官方數據(ju)庫是neXtProt (),目的(de)是建立(li)一個(ge)人類蛋(dan)(dan)白質(zhi)的(de)百(bai)科全書。這個(ge)龐大的(de)數據(ju)庫最初由(you)瑞士生(sheng)物信息學研(yan)究(jiu)所(Swiss Institute of Bioinformatics) 和GeneBio SA 共同開發,不但存儲了大量(liang)(liang)的(de)人類蛋(dan)(dan)白質(zhi)知識(shi)庫,也有大量(liang)(liang)蛋(dan)(dan)白質(zhi)組(zu)、微陣列、RNA、蛋(dan)(dan)白質(zhi)相互作用、蛋(dan)(dan)白質(zhi)-小分(fen)子相互作用等高質(zhi)量(liang)(liang)數據(ju)集(ji),其上的(de)數據(ju)頻繁地更新,是人類蛋(dan)(dan)白質(zhi)研(yan)究(jiu)的(de)集(ji)大成者,相當于研(yan)究(jiu)人類蛋(dan)(dan)白質(zhi)的(de)基礎設施(shi)。


neXtProt數據庫網站界(jie)面(mian)

隨著人類蛋白質研究的不(bu)斷深入,neXtProt數據庫的容量越來越大(da),服務器負荷(he)日(ri)漸沉重。中國日(ri)益增(zeng)長的科(ke)研實(shi)力使得中國學者訪問該數據庫的需求與日(ri)俱增(zeng),但現有(you)數據庫的資(zi)源(yuan)卻遠遠不(bu)能(neng)滿足要求。為了推動人類科(ke)學界對人類蛋白質組的研究,尋找有(you)實(shi)力、有(you)口碑的單(dan)位進行合作(zuo)就(jiu)成為其最(zui)(zui)佳(jia)選(xuan)擇。最(zui)(zui)終,承啟被(bei)選(xuan)定為neXtProt亞洲(zhou)分站的承建單(dan)位。

雖然承啟的主營業務主要是與大規模測序相關,由于其自研的FANSe系列高精度測序比對算法而被業界熟知,但承啟在蛋白質組上的積累很早就開始了。早在2014年,承啟首席科學家張弓教授所建立的翻譯組測序技術就被作為人類蛋白質組計劃的核心支柱之一,并連續被HUPO(人類蛋白質組組織)邀請在HUPO大會上做演講。2017年,承啟在HUPO大會上宣布免費為人類蛋白質組計劃提供翻譯組測序服務。2018年,承啟發布了當時世界(jie)上最強的翻譯(yi)(yi)組(zu)(zu)學數(shu)據庫(ku),為(wei)蛋白(bai)質組(zu)(zu)研(yan)究提供了重要(yao)的參考,該數(shu)據庫(ku)被發表(biao)(biao)在(zai)(zai)國際權威期刊Nucleic Acids Research上(shang)。2019年,張(zhang)弓教授發表(biao)(biao)重大(da)成果,通過翻譯(yi)(yi)組(zu)(zu)測序(xu)技術發現了數(shu)千個原本(ben)認為(wei)不可(ke)能編碼(ma)蛋白(bai)質的“非編碼(ma)基(ji)因”實際上(shang)能翻譯(yi)(yi)出50個氨基(ji)酸以上(shang)的蛋白(bai)質,并且這些蛋白(bai)質穩定存在(zai)(zai),在(zai)(zai)癌(ai)癥中發揮著重要(yao)作用,人類基(ji)因組(zu)(zu)需要(yao)被系統(tong)性地重新注(zhu)釋。承(cheng)啟在(zai)(zai)這一研(yan)究中提供了核心(xin)的生物信息學分(fen)析服務。因此(ci)承(cheng)啟被委以此(ci)重任,絕(jue)非偶然。

對(dui)承(cheng)(cheng)啟(qi)而言,常年(nian)具備處理海量(liang)組學數據的能力,可以完全承(cheng)(cheng)擔建立neXtProt所需(xu)的服務器資源和(he)技術資源,因(yin)此neXtProt亞(ya)洲分站的建設(she)和(he)運維都將由(you)承(cheng)(cheng)啟(qi)負責(ze)。

承啟承建(jian)人(ren)類蛋白質(zhi)組(zu)計(ji)劃(hua)官方數(shu)據(ju)庫neXtProt的(de)亞洲分站,標志(zhi)著中國在人(ren)類蛋白質(zhi)組(zu)計(ji)劃(hua)中的(de)核心地位提(ti)升(sheng),這是(shi)承啟為推動人(ren)類蛋白質(zhi)組(zu)計(ji)劃(hua)進展、為中國和亞洲的(de)蛋白質(zhi)科學發展的(de)又一貢(gong)獻。

 
消息來源:深圳承啟生物科技有限公司
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